Este codigo utiliza Fisher-Yates Shuffling Algoritmo para mezclar un array.

function shuffle(arr) {
    var i,
        j,
        temp;
    for (i = arr.length - 1; i > 0; i--) {
        j = Math.floor(Math.random() * (i + 1));
        temp = arr[i];
        arr[i] = arr[j];
        arr[j] = temp;
    }
    return arr;    
};

Ejemplo:

var a = [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8];
var b = shuffle(a);
console.log(b);
// [2, 7, 8, 6, 5, 3, 1, 4]